НИПЦ «Экотехцентр» сотрудничает с многими научно-исследовательскими и проектными организациями по своему профилю деятельности.
Ученые НИПЦ «Экотехцентр» являются авторами многих запатентованных конструкций рыбозащитных устройств и способов рыбозащиты, внедренных на водозаборах России. Ими проводились исследования эффективности действия большинства видов РЗУ, при этом разрабатывались методы отбора ихтиопроб, служащие в настоящее время для оценки воздействия водозаборов на ихтиофауну.
В рамках государственных научных программ специалистами предприятия исследовалась динамика попадания рыб в водозаборы различного назначения, разрабатывались методики определения эффективности РЗУ и расчетов ущерба рыбному хозяйству.
Некоторые специалисты «Экотехцентра» принимали участие в разработке методик и инструкций по оценке эффективности рыбозащитных мероприятий (Петров В. Н., Игнатов В. А. и др.), в частности, и одного из первых в стране нормативных пособий — «Временной методики оценки ущерба, наносимого рыбным запасам в результате строительства, реконструкции и расширения предприятий, сооружений и других объектов и проведения различных видов работ на рыбохозяйственных водоемах» (Суслова В. В. и др.).
У организации имеется собственный архив материалов по определению и расчетам рыбохозяйственных ущербов на водоемах РФ, а также, ихтиологические данные по участкам водоемов, собранных при определении эффективности рыбозащитных мероприятий, ущербов рыбному хозяйству и проведении исследований по рыбоводно-биологическому обоснованию рыбозащитных мероприятий на водозаборах.
Опыт сотрудников «Экотехцентра», отражен в выпущенных ими проектах, отчетах, рекомендациях, научных статьях и диссертациях, отражающих научно-практический потенциал сотрудников предприятия.